Khuôn viên chùa có nhiều hang động lớn nhỏ chứa hóa thạch cổ sinh 50.000-30.000 năm tuổi, nhiều di vật khảo cổ thể hiện dấu tích của tuyến đường giao thương Đông Tây, truyền thống cư trú, sử dụng đất đai, sông nước, biển đảo của người Việt.
Năm 2003, chùa Nhẫm Dương được công nhận là di tích quốc gia. Năm 2016, chùa cùng quần thể di tích danh lam An Phụ – Kính Chủ được công nhận di tích quốc gia đặc biệt.
Ngày 12/7, Ủy ban Di sản Thế giới UNESC công nhận Quần thể Yên Tử – Vĩnh Nghiêm – Côn Sơn, Kiếp Bạc là Di sản Văn hóa Thế giới. Đây là Di sản thế giới thứ 9 của Việt Nam và là Di sản thế giới liên tỉnh thứ hai, sau Vịnh Hạ Long – Quần đảo Cát Bà. Quần thể di sản gồm 12 điểm, nằm trên địa bàn ba địa phương Quảng Ninh, Hải Phòng và Bắc Ninh, với diện tích vùng lõi 525,75 ha và vùng đệm 4.380,19 ha.